Logan, un homme doté d'un pouvoir de guérison rapide, découvre la vérité sur son passé tumultueux lorsqu'il rejoint un programme secret du gouvernement qui vise à transformer les mutants en armes vivantes.
À travers un voyage à travers le monde, Logan rencontre d'autres mutants, dont son frère Victor Creed, également connu sous le nom de Dents de Sabre, avec qui il partage un passé violent et chaotique. Mais lorsque Victor commence à devenir incontrôlable et que Logan refuse de continuer à tuer sans raison, les deux se séparent, faisant de Victor un ennemi juré de Logan.
Des années plus tard, Logan est devenu Wolverine, un combattant solitaire, mais est bientôt forcé de se battre pour sa vie et pour la survie de ses amis mutants contre un ennemi puissant qui veut l'anéantissement de toute sa race. Avec l'aide de ses amis mutants, Wolverine se battra pour découvrir la vérité sur son passé et sauver les mutants de leur destinée sombre et incertaine.