2103 - 10 ans après Prometheus. Le vaisseau spatial Covenant est en route pour la lointaine planète Origae-6 afin d'y établir une colonie, un nouvel avant-poste pour l'humanité. Mais un incident grave contraint le vaisseau à se dérouter vers une autre planète émettant un étrange signal, située à une distance plus proche et qui a tout d'un paradis terrestre.