Entre une loyauté vacillante et un sentiment d'indifférence envers les Inhumains, l'agent Daisy Johnson ("Quake") a pris la fuite. Mais elle revient finalement après que le terrifiant Ghost Rider ait laissé derrière lui une traînée de corps brûlés. Corrompu par le Darkhold, un mystérieux et puissant manuscrit, LMD AIDA crée une reproduction parfaite des agents du S.H.I.E.L.D. dont leur objectif est d'opérer dans une réalité alternative créée avec un système informatique nommé Framework, dans laquelle règne Hydra.