La Section 9 est une unité hautement professionnelle, impliquée dans les affaires d'espionnage les plus sales. Une mystérieuse cyber-pirate pénètre les réseaux les mieux protégés. Elle est recherchée pour terrorisme, manipulation de la bourse et détournement de données. Kusanagi suspecte le ministère des affaires étrangères et surtout un programme top secret : le Projet 2501. Mais alors qu'elle enquête, Kusanagi expérimente des sentiments étranges sur sa propre humanité.