Ils ont sauvé la pom-pom girl, ils ont sauvé le monde. Chaque personnage a maintenant pris un nouveau départ mais les périls de la première saison ne sont pas tout à fait derrière eux. Hiro se retrouve projeté dans le passé, Claire s'efforce de passer inaperçue. Peter et Sylar, quant à eux, sont portés disparus.