Après la fin tragique de la saison 5, chacun tente de se relever. L'hôpital de Seattle fusionne avec son concurrent. Meredith, Derek, Izzie, Christina et le reste font face à un tout nouveau défi avec l'arrivée des médecins de Mercy West. Les lignes de combat se dessinent et les rivalités atteignent des nouveaux sommets. Le passé ressurgit, apportant son lot de rebondissements pour toute l'équipe.